Дорумон спасает Токомона от вируса, который стирает всех подряд. Сам он уцелел случайно: в его теле сработало Икс-Антитело, переписавшее дигимона в новую, более сильную форму. Таких, как он, немного, и Новый Цифровой мир, куда их перенёс Иггдрасиль, встречает выживших не радушно.

Старый мир суперкомпьютер счёл перенаселённым. Часть дигимонов он перевёл в новый, остальных приговорил, запустив Программу Икс. Королевские рыцари получили приказ добить тех, кто пробился через границу следом за избранными. Омегамон, Дюкмон и Магнамон исполняют его без особого рвения, и в какой-то момент каждый из них начинает сомневаться, стоит ли вообще это делать.

Дорумон ищет собственное происхождение, потому что ответ на этот вопрос упирается в тайну самого Иггдрасиля. Токомон идёт рядом, хотя защищать его всё труднее. К финалу обе линии сходятся в одной точке, где выясняется, кто на самом деле стоит за Программой Икс.