Эдвард Элрик живёт в Мюнхене третий год. Он учится инженерному делу, ходит на лекции, чинит механизмы в мастерской и по вечерам возвращается в комнату, где на столе лежат чертежи, а под ними — расчёты, которые ни разу не сработали. Дома его ждёт Альфонс Хайдерих, молодой немец, поразительно похожий на брата, оставшегося в другом мире. Алхимии у Эдварда больше нет. Дороги назад он не нашёл.

Однажды на улице он вмешивается в чужую ссору и вытаскивает из неё цыганскую девушку. С этого момента его втягивает в историю, где хватает и погони, и оружия, и людей, которые ищут не то, что кажется на первый взгляд. В Мюнхене начала двадцатых поднимают голову организации, и у них свои планы на то, что лежит по ту сторону.

В это же время в родном мире Альфонс Элрик читает книги по алхимии одну за другой. Он ищет способ вернуть брата. Два Альфонса, два Эдварда, две стороны одной двери — и оба брата заняты одним и тем же, только порознь.

Что из этого выйдет, фильм показывает без длинных объяснений. Здесь больше действия, чем рассуждений, и финал у этой истории свой, отдельный от сериала.