Париж, 1889 год. В небе над городом кружит маленький самолётик, за штурвалом — Жан, мальчишка, который мастерит летательные аппараты из чего придётся и влипает в неприятности с завидной регулярностью. На ярмарке он знакомится с Надей, девочкой из цирка, у которой есть странный синий камень и очень недоверчивый взгляд на людей.

За ними обоими уже идут люди в чёрном. А ещё где-то в океане идёт своя война: капитан Немо и его подлодка «Наутилус» охотятся за Гаргойлом, который хочет вернуть былую мощь Атлантиды и ради этого готов перекроить карту мира. Жан и Надя оказываются втянуты в эту историю раньше, чем успевают понять, что происходит.

Дальше — погони, полёты, побеги из плена и долгий путь через океаны. Надя злится, Жан не сдаётся, а Немо хранит свои секреты. Комедия тут соседствует с довольно мрачными вещами, и никто не обещает, что всё закончится хорошо.