Команда учёных-ниндзя Гатчамен II

Круизный лайнер «Куин Маргарет» уходит под воду, и это первое, что происходит на экране. Сосай Икс вернулся, хотя после разгрома Галлактора прошло всего два года. Среди выживших оказывается четырёхлетняя Сэмми, и её забирает Доктор Пандора. Девочку превращают в Джельсадору, нового генерала синдиката.

Галлактор снова набирает силу. Похищения военных и научных специалистов идут одно за другим, и Международной организации науки приходится возрождать свою первую линию обороны — Кагаку Ниндзятай. Всё не так, как раньше. Кондор Дзе пропал, его считают погибшим, и команда без него теряется даже с новым оружием и техникой.

Доктор Кодзабуро Намбу решает проблему по-своему, приводя в команду нового G-2 по имени Гетц Ястреб.